陳榮輝牧師在新店牧會,曾有兩回危機一髮,僥倖保存了生命,一次在中法戰爭法國侵台時,一次在日本領台后不久。
1884年中法戰爭起,法國攻台,謠言教民通蕃,民眾激動,10月3日(即夏曆8月15日)眾遂襲劫新店教堂。時任新店傳道師陳榮輝供稱:「8月15日晚二更時候,內山會黨民人聚集,先搶教民住屋物件;及四更時候,又來拆教堂,共集一百餘人,將教堂門窗戶扇以及外牆一切拆毀,輝見勢不佳,當即逃避。16、17兩日,又至教民各家進行搶劫,該會黨始返內山。聞(後來証實)教民劉貴夫婦被搶之後,竟將其夫婦沉死水中……」(「法軍侵台檔」p.538)。榮輝先得好鄰居的收留保護,後來雇船逃至大龍峒,但接情報說是晚要拆毀大龍峒教堂,即又動身乘舟到崙子頂(社子)母舅宅暫避。家裡財物已被搶空,沒有衣服穿,沒有食物吃,逃難狀非常狼狽。(翌年5月17日,榮輝受封為牧師)。
1895年日本領台,一時地方混亂。幾個月日軍進駐新店教堂而隊長大尉(上尉)借用牧師館一室,隊長牧師通話都用漢字書寫。一日駐軍接密報,說新店方面有人要造反,乃是晚三更突擊搜查每一住戶,若查到槍、刀、鏢就全押到碧潭溪邊,雙手綁在身後令其下跪,再以數人的辮子相縛,狀至悽慘云。
被捉的人都經過教堂邊的一條小巷押送,當被押者通過小巷時,都大呼:「牧師啊!救我,我被捉了」。聽到呼聲者無不同情著急,但無可奈何,牧師和家屬在屋內非常煩惱,牧師長子清義(時二十來歲,後任牧師於艋舺教會)忍不住就打開後門要看究竟,不幸被日兵捉去;牧師跟著也跑出去看時,另一日兵也將他的辮子拉去,拖到溪邊被綑下跪百到天亮。
翌晨隊長巡視時,發現牧師也在其內,即速令解開牧師父子,且向牧師陪罪,因隊長知牧師的為人,就對牧師說,若眾人中有教民或好人,請指名即可釋他。於是牧師一一指出,連教外的人也得釋放;並向隊長說明,各戶所持武器是為防備烏來番出草而準備的,並不是要造反。這事之后,一時教會非常興旺,街民到了主日,也來「做禮拜」了。(《北部教會大觀》p.673)。
北部教會及教民,在法國侵台時及日本領台初,犧牲損害慘重,其詳情將另述。