潘明珠於1898年4月2日受封牧，就任林後、東港、阿猴（屏東）、杜君英及建功庄五堂會之牧師（《教會史話》 406）。說是五堂會，實際上要牧管的有九教會，就是林後、東港、阿猴、建功庄及杜君英分開所設之內埔及中林（參見《教會史話》 424），再加上鹽埔仔、琉球友竹仔腳-三支會。潘明珠坐鎮於林後。
當時除建功庄有缺額外，其他各堂都派有傳道師。潘牧師到任後略有調動，其配置就是東港趙挽、阿猴吳葛、內埔張安買、中林王希賢、鹽埔仔劉沃、琉球李豹，及竹仔腳彭士藏。只有牧師有權施洗禮、接納入會及主持聖餐。
是年5月1日南部教曾首次普查「來禮拜的人數」，統計各堂上、下午來禮拜者，分男、女、兒童及總數（見《台南府城教會報》一五九卷，1898年6月，p.46~47）。下午來禮拜者稍少於上午。表上的各堂上午來禮拜者總數是林後48、東港93、阿猴67、建功庄37、杜君英（內埔、中林合併計算）89、鹽埔仔50、琉球15、竹仔腳55。
要巡迴牧養九堂並不簡單。潘牧師的首次巡迴，是於1898年，5月初旬（舊曆閏三月半）出發，到7月底（舊曆6月13日）才巡完，每一地滯留一週或二週，有時遇風雨溪流阻擋不得不多滯留。其報告的慨要，見於《台南府城教會報》一六三卷（1898年10月，p.76-77）。
據他的計算，這九堂聽道理的超過650人，這次求洗禮的就有69人，他接納25人入會（包括「堅信」者5人），幼洗21人。可喜的現象就是大家相當注重白話字教學，週內舉行夜間禮拜的家庭不少，長執會友共勵相助（如探訪病患或禮拜缺席者、助貧），當職者有輪流出門佈道。他也注意到只想要靠教會勢力來減輕負擔的人減少，而在受苦難堪之間仍堅守信仰的，及肯盡其所能奉獻金錢為教會之用者增多了。
不過，他也擔憂會內受禁聖餐者及不守安息日者有相當多的問題，加入成會的成人共有二百六十多人，受禁聖餐者就有十多人，也有很多人久久不來禮拜，也有很多人不聽教會的勸勉在禮拜日開店作工。
有些救會，如琉球及建功庄，會友數未曾增加反而減少，或就是長輩未注重教育、不大關心子弟守禮拜之後果（參見《教會史話》 429）。有設小學的只有一堂，由傳道師兼教導兒童約有三堂（阿猴、東港、竹仔腳），小學師資確實甚缺。教會也缺少祈禱會的活動……。
潘明珠牧師雖極忙於牧養五堂會（九教會），仍推動要在萬丹創設教會（見《教會史話》 443），其宣教熱忱誠可稱也。
