內埔教會的起源，或可溯源到李秋元（細狗）的人信（《教會史話》 431），但教會的成立應該自杜君英教會分成中林、內埔兩堂時算起。1898年1月12日台南教士會議定將舊堂的材料分成三份，二份給平埔族人（建中林堂），一份給客家人
（Handbook, 53l：4）；而客家人就用這些材料在內埔仔街外魚寮下的竹園內建堂。地是李瑞麟二及李瑞麟四兩兄弟所讓出的。
1898年2月22日教士會議派張安貴（參見《教會史話》 436及437）駐內埔仔新堂（lbid,
536：2）。然而新堂及安貴的前途多難。6月22日（舊曆5月4日）匪徒就侵入堂了。安貴的報告函稱：我到任以來常常鬧病，起居也不便。下大雨屋頂就漏水，屋後面進水，地濕，煮飯時焜爐也要置於凳子上用。然而更慘的，就是今晚12點前後，有土匪十數名來襲拜堂，其中四人進來臥房，手持槍，腰佩刀，帶網袋，臉漆黑或白色，發出吶喊聲，撞開門，將房裡物件一盡收拿，只留下書冊及臥床。我有二隻箱子裝滿衫褲，被拿走，桌子及抽屜被搜查，銀器、甚至替換衣服也沒了。土匪用槍指我說：你要命不要命？手環在哪裡？又搜查我的身子、揭開蓆子，直至我交出，他們在放了一槍後，才揚揚退陣（《台南府城教會報》一五九卷，p.43）。7月6日，在教士會中巴克禮報告內埔新堂被劫、傳道安貴盡失一切的情形及為補償給安貴十元等（ibid,
544：7）。
內埔及中林兩堂是仕君英所分出的，所以是潘明珠牧師所牧管的。潘牧師於1899年2月15日到魚寮下教會。是日接納成人一名入會，主持聖餐，並設立賴阿蘭（又名方蘭，曾任傳道師，參見《教會史話》 428）為長老，張阿三為執事。據潘牧師稱：會友多人在苦境，因為去年十一月間日軍「剿匪」，會友十來戶被牽累，房屋及物件被燒毀。禮拜堂剛疊好房屋四面的牆，還未整好角（《台南府城教會報》一七O卷，p.36）。
1899年3月2日教士會議決調動傳道師，張安貴被派去加蚋埔，而蔡添貴（參見《教會史話》 429，477~478）被派到內埔（ibid,
573：3）。為了加強白話字的教學，會友有意延聘利太疑（Thai-ngi，客籍，1885年進大學）為教員，但教士會
未同意，所以白話字教學，只好他由蔡添貴負責了。他在任九年，由邱增發（又名讚法，見《教會史話》 430）接任，經四年由蕭其源接之，亦經四年由李增郎（李秋元之孫，參見《教會史話》 432）接任，在任十二年……。
內埔教會於1928年從魚寮下搬去街內，改裝舊內埔戲院為教堂，於1934年新建禮拜堂……等等，或有機會再詳述。
