1868年12月2日,興泉永道曾憲德與英署領事吉必勳(John Gibson)閒協議成立,教堂被毀壞者得賠償,傳教者或租屋或往某處均聽其自便:換言之,傳教之權受確認。情勢大變,於是馬雅各醫生就忙於善後處理及新部署了。
同年12月21日(舊曆11月8日),為了要會審鳳山縣下鬧事罪犯,領事郁和(Robert Swinhoe)署領事吉必勳,由英艦Rinaldo號艦長C. Scott卿及兵員40名陪同下赴埤頭(鳳山)。馬雅各醫生也同行,是為了要實地查考擾亂結果,應備諮詢,尤其要避免讓知縣作虛偽的陳述。知縣為了要救部屬,曾用巨款找「替死鬼」。一行人滯留埤頭前後4天,曾憲德主審下,多名罪犯被判杖枷徒流,而殺死莊清風主犯周忠於24日斬決抵命。(以上參見The Messenger, April 1869, p.86-87及《教務教案檔》同治7年檔)。
馬雅各醫生覺得台灣宣教之原先目標,既然是台灣府城(台南),便不再猶豫了,24日自埤頭返旗後,25日晚上就帶吳文水及高長上船,翌日清早抵安平,得了一對老夫婦之好意,住他們家,每日四處找房屋可充宣教中心。此位安平好心老人,後來成為府城最早受洗者7名之一[參見《教會史話》 135]。
馬雅各醫生對旗後埤頭之醫務,及教務也作了妥善的安排。至1868年年底為止,成立的教會有旗後及埤頭(禮拜堂被搶毀,待修建)。三塊厝佈道所(租屋)已放棄,而阿里港有若干慕道友,但教會未成立。進教人數,於1866年有4名,1867年有6名,1868年有9名,一共有成人19名。另有兒童5名(均於1868年受洗)。再加上福建已受洗的陳子路、吳文水及自廈門來台養病之盧良,並減去死亡者(如莊清風,1868年間2名死亡)在籍會員共有成人19名,兒童5名。李庥牧師夫婦於1867年12月13日抵台,在台有一年的時間,對當地情形已有相當的瞭解,而本地語言他勉強可應付,所以就託他專權負責旗後埤頭及今後鳳山縣下所有的教務。[府城教務及醫務由馬醫生負責,唯問道理、施洗及聖餐,請李庥牧師來主持]。醫館醫務,馬醫生就託海關任職的萬巴德醫生(Dr. Patrick Manson)來兼務,一般館務委配藥黃嘉智負責,而黃嘉智也與李庥牧師分擔講道理了。
如此安排之後,宣教中心分二,一在府城,一在旗後;而兩中心到了1877年才歸併為一,府城終於成為南部教士會之所在地。