在台灣開拓傳道,其基站該設在哪裡?英國長老教會選定了台灣府城(台南)作目標,是有充分的理由。
同治年間台灣尚屬福建省。在省之下設有「台夏兵備道」,每半年交替調駐台灣、廈門兩地。其任務除了任道台外,兼任按察使佼(司法)及學政使(科學、教育),並協同台灣總兵處理軍務。在道台之下,有台灣知府,管轄台澎政務,府下有縣,設知縣。在軍事系統上,台灣總兵管轄全台治安,在府治另設海防同治,全台分為幾個管區,下再分為汛塘,層層管轄。府城是全台中樞,道台、知府、台灣知縣(府治外廓成一縣),台灣總兵,海防同知均駐於府城。
府城亦是當時全境最大的市鎮,有士、有商、有兵勇、有無賴、有乞丐,各種行業均可見。有城垣圍之,周圍就有「二千五百二十丈」,規模之大,蓋全台之冠。城內有衙門、考棚、鴻指園、孔廟、關帝廟、府城隍廟、赤崁樓……氣派十足。府治分四大坊(東安、寧南、鎮北、西定),大街小巷,通往各城門(有八門),為商旅興販通道,城廓兵駐守。大西門為涌外口安平之關,內外街市尤繁榮,商夏連簷櫛比,商民挑夫接踵,街路雖狹窄不規則,但熱鬧異常。
安平在府西,有一大潮渠通此,小船竹筏積載貨物來往如織。海口一帶多為沙洲,大船不能容納,如輪船就要停泊港口,是缺點,但港由條約開埠而且是府口,外國船隻來往不絕,其貿易額在改隸日本以前,一直凌駕淡水、打狗、雞籠三口。1864年5月安平設新關。
1865年5月馬雅各醫生一行抵台時,打狗已有數家洋行,天利行(MacPhail
& Co.)是其中之一,由James
W. MacPhail所主持。登陸3日後,一行步行抵府城,就住在天利行分行行東Neil
MacPhail之家,在大西門外北勢街(今神農街)。隨即出去四找房屋要租,但在城內始終無法尋得,最後靠海關吏馬威廉(William
Maxwell)之好意,頂租其空出大西門外看西街(今仁愛街)一房屋,尚稱便,就決定六月16日正式設醫館開始傳教了。
在此順便一提必麒麟(William
A.Pickering)的動向。必氏隨馬威廉來台,1863年任打狗關檢查員,1865年被派駐安平分關,前於1867年受聘主持天利行府城分行業務(Pioneering
in Formosa. Chapter I.)。後來天利行改組,合於怡和洋行(Elles
& Co.),而怡和洋行在鹿港收購樟腦而被沒收,正是1868年樟腦糾紛之起端。