咸豐8年(1858年),中俄、中美、中英、中法天津條約,都准許外人在華各地傳教的權利。中法天津條約第13款:「天主教原以勸人行善為本,凡奉教之人,皆獲保佑身家,其會同禮拜誦經等事,概聽其便。凡按第8款備有蓋印執照安然入內地傳教之人,地方官務必厚待保護。凡中國人願信崇天主教而循規蹈距者,毫無查禁,皆免懲治。向來所有或寫或刻奉禁天主教各明文,無論何處,概行寛免」。
咸豐9年(1859年)入台重開傳教的教士,是否得到地方官憲保護?郭德剛神父(Fernando
Sainz)深入萬金庄向平埔族佈教是咸豐11年(1861年)。翌同治元年鳳山知縣接報,即委員偕下淡水縣丞,趕往萬金調查,召見通事潘水泉、土目潘岐山,以「非通商之埠,外人不得居住」為理由,責令二人將郭神父逐出。旋經交涉,郭神父再進入萬金。同治4年(1865年2月1日)萬金天主堂附近發火,險遭燒毀,復因一客家人之死,客家人與平埔族信徒的對立高升,天主堂被襲擊。同治5年(1866年11月29日)天主堂再度被襲擊,適郭神父外出在歸途中被暴民綁去萬丹,好在得打狗英事之助,鳳山知縣才勒令暴民釋放郭神父。
同治3年(1864年)由良揚神父(Francisco
Herie)開設的溝仔墘(又名郊墘,屏東縣竹田鄉)佈教所,三次遭破壞焚燒;重建的新堂也於同治7年(1868年)再遭暴民放火而焚毀。良揚神父欲前往抗訴,被圍住險得挨打。
在府城(台南),同治5年(1866年)郭德剛神父在八吉境地方向民婦陳氏租用民房一座開始傳教,舉人吳尚震等呈請勒遷,台灣府由此禁天主教在城內佈教。經抗議始得在小東門外設立天主堂及孤兒院。然郡城謡言四起轟傳教士毒害良民,小東門外天主堂遂於同治7年3月(1868年)被暴民拆毀。
關於鳳山縣溝仔墘及府城小東門外天主堂被毀案,經交涉賠給天主教會銀2000千元而結案。被台灣縣拘提的肇事人是革兵葉連升、蔡朝寶、沈成德,民人許場、陳閣來、周至、莊統、郭發等八名;被鳳山縣拘提者有李雹(又作梁雹)、陳賀仔(又作陳烏江)2名,各以杖100,加枷號兩個月,滿日折責發落。