外交部過去保管清季總理各國事務衙門檔案，於民國44年（1955）移交給中央研究院近代史研究所。此項檔案，包括原檔及清檔（就原檔騰清裝訂成冊者），其史料價值甚高。為了公開史料，該研究所從事其整編與刊佈；已刊行者有《海防檔》、《礦物檔》、《四國新檔》、《越南檔》、《清季中日韓關係史料》、《教務教案檔》等。其中涉及台灣的文件，雖然不如其他沿海沿江各省為多，但仍相當可觀。若要研究清季台灣教會史，尤需要參考《教務教案檔》。
《教務教案檔》中有關台灣史事者計有：
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同治6、7年間英商寶順行（Dodd & Co.）在艋舺租屋案，
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同治6、7年間南部各縣之教案與各地洋行購運樟腦等案，
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同治13年嘉義縣白水溪禮拜堂被燒毀案，
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光緒2年三重埔禮拜堂被打壞匾額扯破戒律案，
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光緒2年淡水李東面父子恃教橫行就地正法案，
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光緒3年偕叡理教士在艋舺租屋傳教糾紛案，
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光緒6年英國教士在台灣縣購地建蓋女學堂被紳民阻止改建義塾案，
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光緒13年日斯巴尼亞（即西班牙）教士阿倫士在大稻埕建立教堂遭受反對約定章程平息案，
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光緒13年議結中法戰爭期間台北等地被毀教堂7處各案，
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光緒18年日斯巴尼亞教士林茂德在彰化干預公事庇護教民台灣巡撫照請日（即西班牙）國領事撤換案，
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光緒19年台灣巡撫邵友濂咨報18年秋季全省教堂與19年新增教堂，
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光緒20年雲林縣日斯巴尼亞教士高熙能抗議該縣發教民書有「入番教」字樣之門牌案。
在近代史研究所主持整理《教務教案檔》者，先為張貴永，後為呂實強。呂實強在其「總理衙門檔案中有關台灣之史料」（《台灣人文》創刊號、民國66年10月），列舉《教務教案檔》的有關史料外，並云：「在這些案件中，有的事情較為單純，有的則涉及甚為複雜，除民教衝突本身之外，尚反映出許多當時地方政治與社會基層的實際情況與問題。復由這些文件之中，多半均為地方政府以至涉及當事人的報告與陳述，所以也能大為增加對這些史實瞭解的程度，而有助於提供新的解釋，或者修正舊的缺誤」。
呂實強撰「偕叡理教士在艋舺初創教堂的經過」（《台灣文獻》19卷1期、民國57年3月），是利用《教務教案檔》的文件以及其他資料，並偕牧師之著作，對於這一段史實與其前因後果，加以力求客觀的探討者，值得一讀。
《台灣教會公報》1959期 1989年9月17日
