1864年秋天，馬雅各醫生侷促在旗後，聽到必麒麟（William
A. Pickering）要訪問府城周邊平埔社。就決定參加訪問。他想，這些族民性情單純，或會比漢人容易接納福音吧。必麒麟也覺得，有馬醫生參如，像他能治熱病或眼疾的高明醫術，定會使平埔族人—甚至「生番」感覺神奇。
11月的一天下午"必麒麟和馬雅各兩人，就帶著僕人和3名苦力"攜帶糧食、藥品等，離開城。頭一夜宿於新港（今新市）。頭人供給了一名嚮導。次日走進山區。惟山脈不高，距約十五哩之遠，就抵崗仔林。社民歡迎「紅毛親戚」（參見《教會史話》
41）的光臨"馬醫生也替他們治好瘧疾。停留兩天之後，動身出發。路經一個客家人的村落南庄，傍晚到達芎蕉腳。此地社民一面不安於客家人的壓迫，一面苦於對抗那些獵取人頭的野蠻部落，晚飯之後社民唱了些本族的歌曲，馬醫生則看些病人。翌日再踏上征途，嚮遵暗示前面隨時都會遇獵人頭的番人。但終於平安地來到荖濃，而受到頭目的歡迎。隔日是禮拜天。馬醫生就在鄰近村社行醫傳道。馬醫生使用廈門音宣講基要的道理。一面施醫。
排灣族的一個村莊，聽到馬醫生在荖濃，曾醫好病的消息，就特地派人請求馬醫生去治療他們頭目的疾病。馬醫生為那頭目帶去一瓶藥。他們抵達該村時得到最好的款待，有乾鹿肉和煮玉蜀黍。頭目的兒子懂廈門話，所以談得特別親切。在社未婚男子的住屋，看到用頭蓋骨及辮子來作裝飾，數一數辮子共有18個，就是有漢人18個受害於他們。訪問另一個蠻社米郎時，竟碰到另一群獵人頭的班加社人，蠻民驚訝，嚮導面現不豫之色。然蠻民對馬必兩人尚友好。遺憾的是一位荖濃嚮導曾利用取得的消息，在返程埋伏殺死了幾個班加人。馬雅各及必麒麟，取道原路，經荖濃、芎蕉腳等地，而平安地回到台灣府。
以上的敘述，是根據必麒麟的回憶錄—Pioneering in
Formosa—再加以節錄者。這次內地的旅行，使馬醫生對平埔族有深刻印象。有受接納受歡迎之感覺，也啟導他日後積極向平埔族傳教的意念。與所謂「生番」的短暫的接觸，也使他感覺尚可友好相對，傳福音給他們不是不可能的。
