1868年,英國長老教會駐台宣教師有2名,就是馬雅各醫生及李庥牧師。華籍傳道有陳子路、吳文水、一口回長、莊清風;而配藥黃嘉智亦時常參與講道。
馬雅各醫生是宣道團的首席,不過他於3月中旬經由廈門及汕頭,再轉香港;至5月2日始返台,帶回新婚的夫人。就在他不在期間,驚動所有信徒的重大事件,如高長被毆打及入獄,埤頭教會的大劫難,莊清風的殉教等,連串地發生了。
當馬醫生返台時,只有旗後,也可以說有宣道中心的硝船頭是安全區,在區內有埤頭信徒十數名來避難;而區外生命就無保險了。
為了要求釋放高長,馬醫生曾於於5月21日,由署領事官及Captain
Keppel率領的砲艦Janus號水兵同行,訪問鳳山縣衙門(TheMessenger,
Sept.1868, p.190),5月30日高長獲釋。6月上書英公使阿禮國請求保護及交涉。6月14日由李庥牧師施洗4名,其中3名係埤頭避難者(The
Messenger, Oct.1868, p.219);重建的埤頭禮拜堂於7月30日再受壯勇暴徒搶毀(The
Messenger,Dec.1868, p.264)
因為馬醫生是首席宣教師,官方通報往往就記外國教士馬雅各等如何如何。指控也逐漸集中於馬醫生。謠言洋人挖墓取屍眼,殺死嬰孩,剖心肝,放毒藥等,所影射的當然是馬醫生為主。據稱有前往拜某佛的眾,若佛不悅,被指示到埤頭禮拜堂址,抬佛人(童乩)就指一地點,挖之見有人骨及嬰仔之顱骨,眾驚愕,報告知縣,知縣令好好收存骨頭作為證據,即照會英領事吉必勳(John
Gibson),內稱馬雅各教士常愛殺人,請吉領事捉拿教士及其幫手高長(The
Messenger, Jan.1869, p.4)。吉領事就覆:「明日自帶教士赴知縣衙門」,然知縣來文衷示不欲領事官陪同。後來驗骨證明是猴頭犬骨。黃嘉替也曾回述(台南府城教會報167、168號)此事,並云如果是洋人所埋,為何不埋更深處?誣賴馬醫生殺人,實不該。
11月底(?),馬雅各醫生住宅被焚毀,屬夫婦之財物,甚至衣物都失去。(真相,見《教會史話》 126)報導云:傳聞英海軍軍官,佔領安平,在戰鬥中殺死華人30名以上,索一萬兩…等發生;或者這是華人要報復採取的手段之一(Chinese
Recorder and Missionary Journal,Vol.1, p.168)。當時官憲自必麒麟(W.
A. Pickering)及馬雅各2人很會煽惑領事復行滋生事端者,要求將2人撤退;唯英公使認為「該2人並無不守本分煽惑滋事之實據,反因地方官偏持意見,多受誣辱之害」。