1868年6月，馬雅各醫生和李庥牧師聯名，上書英駐華公使阿禮國（Sirj.
Rutherford Alcock），報告在台灣教會受迫害的情形，並請其善處設法交涉。
其內容如容如何呢？我很高興地在The
Chinese Recorder and Missionary Journal找到英文原函，冠題Violent
Persecution in Formosa（在Vol.1,
1868, O.65-68，是8月號）。如果，你翻查總理各國事務衙門清檔，可以找到同治7年8月17日英國阿禮國照會，在此照會裡他譯引馬教士稟文的大要。此照會見於「教務教案檔」（卷二第三冊，第1278-1281頁）、「文獻叢編」、「籌辦實務始
末選輯」）台灣文獻叢刊本）。
馬雅各在稟文裡，述在府城受擾害被迫遷移旗後，在埤頭建蓋禮拜堂未過十餘日就被搶，3月間更有糟踏，3月19日傳教華人高長被眾毆打，無犯法無人控告乃被監禁50日之久，4月11日莊清風白晝被殺害……等情（在此不擬詳引），請詳查辦理，並請保護。他強調云：所擾害者，皆係壯勇、匪民等所為，地方官既不究辦，顯係縱容凌辱。
阿禮國致總理各國事務和碩恭親王的照會，引了馬雅各稟文，台灣府打鼓地方署領事館報語之後云：查3年以來，台灣地方官辦理傳教、受教各事，與條約迥不相符，不但不為保護，且縱容勇匪等任意滋擾，毫不戒飭懲責。且擾害之人，實非該處本地居民，讓勇匪等皆係與衙門公人表裡為害。若地方官實意嚴行禁止，遇此等匪徒，焉有不重懲之理！似此情形，顯係地方官縱容擾害。雖經領事官勳（Swinhoe）．嘉（Carroll）．雅任（Adkins）屢次咨請認真按約辦理，而地方官毫無舉動。貴親王暨列位大臣若不嚴飭，該處地方官必不秉公辦理，亦必不賠補拆毀房屋、搶去傢具銀兩。至殺死人命，尤屬可惡！況莊清風向係奉公守法之人，毫不為匪。為此照請貴親王嚴飭台灣地官，務將兇犯拏獲，從嚴懲治，並將拆搶禮拜堂房屋、傢具按價賠補洋銀7百62元（按，所拆禮拜堂共計工料洋銀3百元、堂內傢具等件共計洋銀4百62元），仍須將拆屋等匪懲責；幸勿遲延。且尤須嚴飭地方官，此後不可仍前疵玩。
1868年7月31日（舊曆6月11日），埤頭重修禮拜堂，又被兵勇拆毀）按，最後結賠款一、一七六元完案）。經英使阿禮國數次請總署速行查辦台灣教案之後，興泉水道曾憲德受委派，於9月20日（舊曆11月4日）離閩渡台，查辦教案。
