1868年(同治7年),在台灣排外反教思潮達高峰,樟腦被扣,教堂被毀,教民被殺,華洋交毆等案,相繼並發:洋人認為地方官憲縱容擾害,不尊重「條約」所給權益,屢次照會抗議。至7月英署領事古必勳(John
Gibson)上任,認為事態嚴重,馳報香港請調兵船,先後有兵船3艘分泊打狗安平,名為保護外人,實為要挾。總理各國事務衙門得報著閩省督撫派員會同英領事迅速辦結各案。於是福建興泉永海防兵備道曾憲德受委派專責艦辦理。曾憲德於11月8日(舊9月24日)抵台。11月25日(舊10月12日)英兵官茄當(Lieut
Gurdon))在安平開砲,翌日突襲安平協署,副將江國珍於負傷後服毒殉命;後亦向商民勒去兵費。
12月1日(舊10月18日),曾憲德吉必勳成立協議:(一)廢止樟官營,外國人及其僱用者得自由收購(訂立英商在台採辦樟腦條款—Camphor
Regulations 1869),(二)商人因商業、遊覽或其他必要欲旅行台灣各地時,道台應發給護照,(三)賠償怡記洋行((Ellis
& Co.)樟腦損失6000元,(四)賠償新教教會財產1167元,(五)賠償天主教堂財產2000元,(六)撤換道台(梁元桂)、鳳山知縣(凌樹荃)、鹿港海防同知(洪熙恬),懲處各地擾事兇手(殺斃教民莊清風主犯周忠受審後斬決抵命),(七)告示民眾嚴禁誹謗基督教,(八)承認傳教師在台灣各地有傳教居住之權,囚凡華洋糾紛應由中英2國共同裁判。所議各案皆面議,後彙開清摺,咨迭總理各國事務查竅。
對於吉必勳處理此案,總理衙門非常不滿,照會英政府云:「英人在內地各處傳教通商,定有條約,領事官遇事自應遵約照會妥辦,即或地方官措置失宜,亦應申請該管上司,或住京使臣聽候竅飭趕辦完結,何得動行兵船,肆行要挾,況台屬洋案,阮經派員渡台查辦,又經委員與之當面議定,分起書單,給與閱看,讓領事吉必勳已無異言,更何得復令洋并違約妄為。雖勒去兵費洋銀,續據吉必勳按數交還,而逼死副將大員,傷斃兵勇,焚燒局庫各節,情罪均較重大…」。吉必勳終於被英政府革職。
1868年間,教會受大劫難,頗有潰滅之慮,協議之成立,成了轉捩點—官方重申承認在台傳教之權,於是台灣教會邁進新階段!