南部教會設有「中會」(Presbytery),是於1896年2月24日召開為期3年的「台南長老大會」為始;而於1898年4月2日及9日潘明珠及劉茂坤先後被按立封。中會之成立及本地牧師之設立是本地教會邁向自治的一巨步。究竟本地教會自治的構想何時上了教士會(Council)的議程?
翻查《台南教士會議事錄》,第402次會議於1893年9月5日召開,有一則略云:巴克禮牧師於8月31日在教士宣教事工討論季會上宣讀一篇「本地教會之自治」(Self-government
in the Native Church)的論文……,會也決定針對自治的問題于傳道者開會時(Preachers'
Conference)由教士會們再進一步討論(Handdbook,402:6)。
翻讀《台灣的巴克禮》一書(參見《教會史話》 18),有一段巴克禮回述:1893年2月(照原著錄,或8月才對),我在一次宣教師的聚會,宣讀一篇題為「本地教會之自治」之論文,這題目是同工們所指正的。在這文章裡,我提到或者有人曾說本地教會如何組織該由本地教曾自已去進行,宣教師何必管。可是我認為至少我們應該把聖經對教會組織方面的教訓告訴他們,也應該採取一些行動。我們是屬長老會的(Presbyterians),雖然長老制和會眾制(Congregationalism),甚至和主教制(Episcopacy)相較各有所取,但我覺得目前所採的是以少數外國宣教師組成的教士會來管理一切的「專制」組織(Despoticgovernmment)是不應該一直繼續下去的。我在結論裡,建議是不是來召聚各教會的長老開會,讓他們組成一個中會。大家都表示贊成,也決定趁傳道師考試的時日,召開一次會友大會討論,這樣出席率可能比較高。誠然照所預料,召開的大會有八十多人參加,大家一致決議要儘速召開一次各教會長老的會議,以組織中會(Edward
Band:Barclay of Formosa p.112-113)。
要由長老組織中會,所以《台南府城教會報》第99卷,光緒19年6月刊(P.69)也就公佈了當峙「台南府屬的長老名簿」,收錄教會35所:即后山(東部)有深公澳、觀音山、石牌;鳳山縣有埤頭(鳳山)、阿里港、加納埔、楠仔坑(楠梓)、杜君英、阿猴(屏東)、東港、竹仔腳、南岸、林后、琉球;安平縣有府城(台南)、木柵、柑仔林、拔馬、崗仔林;嘉義縣有嘉義城、岩前、頭社、番仔田、吉貝耍、午挑灣;雲林縣有茄苳仔(西螺)、斗六;彰化縣有彰化城、大社、烏牛欄(愛蘭)、牛睏山(牛眠)、大湳、大埔社(埔里)、十三甲(原斗);澎湖有馬公。簿上列有長老40名,附有年齡、受洗日期、設立為長老的日期。(續見《教會史話》 414)。