1987年7月黃武東牧師,在美國生活15年之后獲准返台,參加總會舉辦「台灣宣教研討會」,接受母校台南神學院榮譽神學博士。當他在母校眼見被風雨摧殘的「台灣教會歷史資料館」,深感痛心,更為教界不知愛惜本宗鄉土歷史文物者悲。是年秋文物移置長榮中學。
翌1988年,第35屆總會通過成立「教會歷史委員會」,並決議邀黃牧師回台協助整理。是冬黃牧師返台與長中校史館阮綠茵老師清查文物。其結果得知收藏約1500件,包括書籍171冊、議事錄約300冊,手稿6件,文件一堆,銅鉛版66塊,木刻55件(另約200件),圖10張,印章102顆,照片多數,破璃版幻燈片61張,匾額16件,器物46件,傢俱5件,建材8件,衣服14件,塑像1件,雕像1件,土像6件,樂器及附屬品4件,木船1艘,雜誌有The
Messenger、「台灣教會公報」、「瀛光」……等;已登錄入檔者共155件(打字印出藏品簡目1頁,登錄清單7頁)。
返美后給筆者函略云:雖仍不滿意,但差強人意,比在南神設館時好多了,該歸功於長中蘇進安校長,因他的關懷、慷慨撥出校史館及一造課室讓教會史料有枝可棲。不過不知原因何在,不但原始清冊、連自台北移轉來台南的清冊(據說搬運中有失落),到台南時院方連檢收的清冊也沒有。據前館長林信堅牧師說,其出國中有賊破窗入館,竊去許多史料。因無清冊可對,就不能查出失落被竊者是那一件,誠可歎!所幸者蘇校長囑校史館負責人阮老師,將南神接下來的,一一作成清冊。並把副本分送給總會、教會歷史委員會及台南神學院存查。
1990年黃牧師返台,在長中協查清埋,花了約4個月。據他函稱,(1)他由舊館廢墟再找許多史料,分類后暫存庫房,(2)為佈置(裝璜、購備品、設備)及史料整修募款、共得新台幣105萬元,(3)協助佈置展出部份史料。7月15口佈置完畢后搭車回台北;休息及束裝一天,於17日飛返紐約。長中於9月21日祝校慶校史館開幕,同時展出教會史料。他返美前拜託歷史委員會向總會申請編上預算。函結尾云:「弟年紀大了,路途又遙遠,自忖愛莫能助矣。」
其后黃牧師返台,每次定必赴南,協助整理史料,從事解題;他樂見資料館及校史館搬進長中綜台大樓5樓堂皇展出。1993年11月筆者返台,在資料館多次見到時住彰化的黃牧師來館。我覺得維護鄉土教會歷史資料是他晚年的心願!黃牧師於1994年11月13日去世(請參見《教會史話》 第三輯所收獻辭:「歷史資料館的育成—敬悼黃武東牧師」一文)。